ウェスト・ヴァージニア州で女性が行方不明になった。
この捜索にかり出されたFBI捜査官たちの中から、長髪でメガネをかけた男が突然走り出し、「ここだ」と示す。その地面の下から鍬のような傷痕のついた腕が出てくるのだった。
スカリーはFBIを辞めて病院に勤務していた。そこにFBIが、同じくFBIを辞めて引きこもっているモルダーの助けが欲しいとして、スカリーを頼るところから、『X-ファイル』らしいストーリーが始まる。
前回の『X-ファイル ザ・ムービー』は地球外生命体の話だったが、今回はどちらかというと、ミステリーサスペンスが軸足になっている。
これなら『X-ファイル』じゃなくてもいいんじゃないかと思わなくもない。